mm mas bien algún editor lo podría hacer .. Tal vez Maguma (
www.maguma.com en sus versiones de pago) .. o Zend Studio (
www.zend.com) que son IDE's orientados a PHP principalmente. Por lo menos gestionan proyectos y librerías .. además que si tus "includes" fuesen a su vez Objetos (classes) ahí seguro que podrías "navegar" entre tus objetos->metodos sin problemas para ayuda a ti mismo a la hora de programar algo que los use ..
Un saludo,