Y .. tienes pensado usar Base de datos (Mysql?) o .. archivos de texto plano? ..
En principio será ese "control_descargas.php" el que tiene que hacer dos procesos:
1) registrar tu descarga (contador incrementarlo)
Aquí decide si lo vas hacer con BD o con que ..
2) entregar el archivo para su descarga.
Con cabeceras HTTP enviadas desde funciones header() (
www.php.net/header) y la función readfile() (
www.php.net/readfile) lo podrás hacer.
Un saludo,