Hola
$sql = "SELECT * FROM formulario";//where Referencia=$Referencia
Tienes comentada la sentencia where Sera que por eso siempre te jala una misma referencia
podrias hacer esto
$sql = "SELECT * FROM formulario where Referencia='".$_REQUEST['Referencia']."'";
Si aun asi te sigue jalando la misma referencia entonces el problema estaria en el archivo que te hace las ligas
<a href=modificar.php?Referencia=".$row['Referencia'].">Modificar</a><br>