La forma que tú dices es como debería ser, o sea, quitar la pausa de 2 segundos a todas las canciones excepto a la primera...
Lo del SP2 no debe tener mucho que ver, de todas formas actualizate a la versión 6.6.0.3 de Nero, que es plenamente compatible con el SP2. No busques las versiones 6.6.0.0 o 6.6.0.1 pq tienen un bug.
Saludos