Intenta con el punto 4 de abajo:
Cita: 4º- Distinto audio: esto es lo más fácil de conseguir arreglar. Tienes que descomprimir el audio de cada archivo. Para ello abre uno de ellos, pon el video en Direct Stream Copy y el audio en Full Processing Mode, y guárdalo, ocupará bastante más ya que tiene el audio sin comprimir. Haz lo mismo con el otro. Una vez descomprimidos los audios, ya no nos dará error. Unimos los archivos y a continuación cogemos el archivo resultante de la unión y le comprimimos el audio. Esto no es necesario si el audio es AC3.