Bueno es que no tienes tampoco muchas más formas de hacerlo... Para sincronizar un subtitulo y ver cómo queda en tiempo real tienes el Subtitle Workshop y poco más. Para pegar el subtitulo tienes virtualdubmod (y toda la famila de virtualdubs) o el AVI Subtitler, pero éste falla aún más.
El virtualdubmod no se instala, simplemente se descomprime un zip y listo, se ejecuta. Y si se cierra el subtitle workshop al cargar la pelicula puede ser normal, tiene algún bug, aunque también podría ser problema por los codec que tengas instalado (¿tienes ffdshow instalado?) en este caso para probar los subtitulos usa el bsplayer.
De todas formas si como creo entender tú quieres pasar una pelicula AVI a MPG subtitulado, no te hace falta virtualdubmod, y si los subtitulos están sincronizados tampoco te hace falta el subtitle workshop. Sólo mira aquí:
www.mundodivx.com/subtitulos/ffdshow.php
Suerte