Hola,
¿Has mirado el trafico HTTP de tu servidor? Quizas es que la respuesta HTTP del servidor tiene unos valores de cookie que no se corresponden con los que espera ie.
¿Como resuelves la conexion de la intranet? ¿Usas un dns, usas el fichero hosts, accedes por ip, o por nombre del equipo? Quizas tu PHP esta mandando las cookies con el nombre que has especificado en la configuracion de apache, pero IE no identifica ese servidor con ese nombre (lo curioso es que mozilla funcione, puede que sea mas listo que ie
).
Las cookies son cabeceras HTTP, eso es lo que interpreta el navegador.
saludos.