tienes razon Genezi, el script va en en el index general. y ahi solo se coloca el index y las META TANGs de la pagina.
 
Un vez ingresando al index principal, se hace la redireccion a las paginas 1024 o 800.   
http://mx.geocities.com/ocielsanchez/index.html   Código HTML:
 <script type="text/javascript">
if (screen.width==1024)
location='http://mx.geocities.com/ocielsanchez/INDEX_ESP_1024.HTML',
else
location='http://mx.geocities.com/ocielsanchez/INDEX_ESP_800.HTML';
</script> 
 Saludos y gracias!!!