Hola,
Para cambiar los permisos desde PHP es con la funcion chmod() (
www.php.net/chmod). Pero el funcionamiento de chmod() depende del valor del umask, que lo puedes modificar con umask() (
www.php.net/umask).
Asi que en tu aplicacion despues de subir la imagen, le haces un chmod() con los permisos necesarios. Si ves que no te pone los permisos adecuados, antes de chmod() usas umask() para modificar el umask y que chmod() funcione como quieres.
Salduos.