yo pondría el alert en una función y llamaría desde el TR a esa función por ejemplo
<tr onclick="msg_alert(1)">
en en esa función le puedes pasar valores 1 u otra cosa, y colocaría un condicional que si es 1 muestre el mensaje y si es otra cosa que no muestre nada
Código:
<script...>
function msg_alert(num){
if (num == 1){
alert('que bonito');
}
}
</script>
Espero que te sirva
Saludos