Hola, cuando creas un subdominio por lo gemeral se crea una carpeta aparte para ese subdominio, por lo tanto
www.sitio.com/carpeta no sera igual a
www.andres.sitio.com/carpeta, por lo general el user ftp del sitio es el mismo para el subdominio, pero si lo que quieres es acceder con un user ftp solo al subdominio, tienes que crear un user ftp para la carpeta del subdominio.
Saludos!