phpMyadmin funciona como te he expuesto. (podrías revisar su código para verlo).
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Sobre el comando que has encontrado desde "consola" .. en PHP lo puedes lanzar con la función (y afines): exec() .. system() .. Todo eso si no trabajas en "safe_mode" y tienes permisos para ejecutar ese comando.
www.php.net/exec
Un saludo,