Se puede usar eval() en php, y lo que pusiste tambien es valido. Hay que ver mejor la situacion para decidir cual metodo hay que aplicar. Si lo que esta dentro del while es identico simplemente podrias hacer un if para crear una referencia correcta.
Código PHP:
( $i > 0 ) ? $recordSet = & $Record1 : $recordset = & $Record2;
while( ! $recordSet->EOF ) {
}