Bien puedes cambiar el directorio de almacenamiento desde el setup del WHM por otro directorio (con la salvedad de que las cuentas nuevas solo se crearán allí, todo lo que está en /home quedará allí y seguirá funcionando bien)
Si querés pasar todo lo de /home al nuevo directorio deberás editar el archivo del apache (httpd.conf) y cambiar todas las lineas de los virtual host donde se encuentre el termino /home/ por el nuevo directorio.
Eso lo puedes hacer con un editor de texto con la opción replace all. Una vez cambiado, reinicias el apache (service httpd restart) y walá!
Te recomiendo igualmente que primero edites un solo virtual host y luego reinicies el apache y veas que todo este en orden. Después dale para adelante y cambia todas las lineas a gusto.
Saludos