aer comparito.
la cosa es asi
supongogamos:
pagina A = contiene la interfaz de la aplicacion, "haga click aqui para bajar archivo" cuyo boton hace referencia a pagina B
pagina B = contiene el iframe y la funcion java script. y algun mensaje X.
la funcion java script deberia hacer referencia a la pagina C
pagina C = contiene el codigo add header octe strem etc etc.
entonces:
en A yo hago click y me envia a B, B por suparte ejecuta el script dentro del iframe , el cual ejecuta C. y C por suparte, baja el archivo.
o algo por el estilo.
espero te ayude