La manera es utilizando la funcion STR_TO_DATE(), pero debes tener en cuenta que esta disponible a partir de la version 4.1.1.
De lo contrario, deberas darle el formato antes de llegar a la base, es decir, en el script.
En tu caso podrias hacer algo parecido a esto:
Código PHP:
// fecha original
$date = "01/02/2005";
// la partis por las /
$dateTmp = explode("/", $date);
// armado de la fecha reformateada
$dateToMySQL = $dateTmp[2]."-".$dateTmp[1]."-".$dateTmp[0];
Salutes!