Debes bajar el interprete de perl desde
www.activestate.com e instalarlo, el apache ya te viene todo configurado y no debes tocar nada, solo subir los scripts a la carpeta cgi-bin y llamarlos como localhost/cgi-bin/miscript.pl
Lo que si fíjate que el intérprete generalmente se instala en c:/perl/bin/perl.exe y la primera linea del script debe decir eso predecido por #! o sea como lo tienes pero sin apache...
Verdaderamente es muy fácil y no tienes que dar tantas vueltas, simplemente instalas el interprete y ya, no debes tocar nada del httpd
Saludos