Utiliza expresiones regulares, sería algo así:
Código PHP:
<?
$contenido = "El Sistema operatiVo Linux es una buena lternativa";
$pbuscar = "sistema operativo liNux";
print "Contenido original: $contenido";
$contenido=preg_replace("/($pbuscar)/i",'<span style="background-color:#FFFF00">$1</span>',$contenido);
print "Contenido resaltado: $contenido";
?>