mysqlhotcopy

[H0m3r0J4y]

Debes fijarte que la carpeta copias_BD tenga los permisos necesarios para que MySQL pueda escribir en ella.

Otra opcion seria usar la sentencia BACKUP TABLE:

BACKUP TABLE tbl_name [, tbl_name] ... TO '/path/to/backup/directory'

Dentro de un mysql_query();