Madre mía, cuánta información tan detallada, muchas gracias. :-O
Ya he visto el problema, y era de lo más tonto. No era problema de capas (es que sólo había una), sino de que había abierto la imagen y no me había acordado de cortarla y pegarla en un nuevo documento, con lo que los cambios no surtían efecto.
Ahora ya he conseguido lo que necesitaba, muchísimas gracias. :)
Edición: se me olvidaba decir que me funcionó sin marcar la casilla colorear.
