Respecto a lo de si es recomendable usar include file o no, la verdad no he usado esto en .net y por lo tanto no soy el mas indicado para decirte si o no, pero lo que si he utilizado son controles de usuario .ascx, puedes tener un control de usuario en el que coloques por ejemplo la cabecera o la información del copyright d tu pagina y luego este control lo que haces es colocarlo en c/u d tus paginas y listo, cuando desees modificarlo lo haces y los cambios seran para todo tu sitio web
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y en cuanto a lo de tener el codigo separado me parece algo muy bueno y ademas es mas facil entender el codigo de esta manera, ademas en asp.net tienes por ejemplo mayor facilidad para programar un evento de un determinado control.