Sobreimpresion de logo animado

[SuperMundo]

Hola quisiera crear una sobreimpresion de logo animada en un angulo de la pantalla; ya que estudio no permite trabajar con formato gif quien si acepta transparencias debo usar un formato avi y ponerlo en la segunda pista pero como no logro sacar los espacios sobrantes del logo avi, debo usar la transparencia para toda la imagen lo que le saca calidad y queda muy poco profesional.

Alguien me puede dar alguna idea de como lograrlo?
Tal vez alguien conozca algun programa que permita usar tansparencias en formato avi con el fin de eliminar los contornos sobrantes del logo que quiero usar.

Gracias;
Gerardo.!