Tampoco ..
Es decir . .PHP no "manda" a ejecutar una función javascript .. sino que "genera" tu pagína HTML con el javascript en ella que corresponda .. cuando este llega al "cliente" se ejecuta como corresponda ..
Por ende si quieres que bajo una condición "PHP" se "genere" tu código javacript de apertura de una vetana .. tendras que hacer algo tipo
Código PHP:
if ($variable== "condicion"){
echo "<script .... >window.open ......</script>";
}
Un saludo,