Al final si que te las acabará enlazando, pero sí tengo comprobado que tarda más cuando son frames, tienes algunas alternativas, para no tener que hacer cambios bruscos.
1.- Puedes crearte un archivo con los enlaces del sitio a modo de mapa web, pones un enlace a este archivo en cada uno de los frames, en el de arriba y en el del lateral los pones mas abajo del tamaño de frame y no saldrá, en el del centro lo pones debajo a modo de mapa web. Por lo que tengo visto el google si que suele indexar los archivos principales del frame en tu caso el de arriba el de abajo y el lateral, luego se vuelve un poco loco para meter el resto de archivos que cargarán en uno de los frames, pero como le has puesto un enlace en cada frame a todos los enlaces de la pagina igual así los pilla.
Por cierto el mapa web no lo has de poner como window open, sino que recarge en el mismo frame ("_self ").
2.- Ahora tienes otro problema con las paginas con marcos, cuando el google te indexe, y alguien pinche el enlace le saldrá la página "pelada", sin el frame de arriba ni el lateral, y quien entre no sabrá donde ir para navegar por la web, si es un poco avispado, borra de la barra de direccion lo que hay despues del .com y se va al index, pero si es vago debes poner un boton de inicio asi discreto o uno de
www.tudominio.com abajo de la pagina y así al pinchar en él se carga la web completa y ya puede navegar.
Un poco rollo me ha quedado, pero igual te sirve de algo.
Un saludo.