Hola un_tio:
Todo depende...
Si ese write se aplica desde un evento, por ejemplo un onclick, o un onload... tal como dices, el resto de la página desaparecerá. Para esas cosas puedes generar contenido con el DOM. Puedes actualizar elementos del formulario sin ningún problema, o usar getElementById().innerHTML que se cargaría el contenido de solo un nodo o elemento del documento. Otra forma es generar nodos dinámicamente y añadirlos o sustituirlos (appendChild/insertBefore, replaceChild), aunque es lo más complejo es como se propone en w3.org.
En las FAQs se habla de esta última opción... (bueno, me parece que también hay entradas sobre las otras formas)
Saludos
