Con la función ini_set() puedes modificar en tiempo de ejecución una directiva de PHP (si esta es permitido) .. Las de sesiones puedes hacerlo así.
www.php.net/ini_set
Pero .. no indicas en que dato te has fijado (directiva) .. por qué tampoco comentas como propagas el SID (tanto en tu configuración de PHP como lo hace tu aplicación) .. por lo mencionado anteriormente sobre las "cookies" en la propagación del SID.
Un saludo,