Ok, ... entonces tendras que leer la estructura de directorios de tu -servidor- como para poder desde ahí tomar la ruta que usarás para hacer tu move_uploaded_file() o similar y dejar el archivo que subes por tu formulario HTML vía HTTP en su destino (en el servidor).
Puedes usar los ejemplos de la función open_dir() para leer tu directorio (lee los comentarios de los usuarios por si deseas indicar o moverte por ramas de tu directorios en el servidor):
http://www.php.net/open_dir
Con eso obtendrías la ruta de tu directorio (en el servidor) para que lo sumes junto a tu archivo para dejarlo donde corresponda.
Un saludo,