Cita: El problema que tengo es que en el help del script dice que es mejor poner el archivo comprimido en el que viene el script en el servidor y descomprimirlo en el mismo servidor y para eso necesito tener acceso a mi servidor desde la shell.
Justamente eso lo suelen recomendar si tienes soporte SSH en tu servidor (o Telnet almenos) .. Eso no suele suceder (que tengas dicho soporte) en la mayoría de servicios de Hosting .. y si lo tienes es vía "applet java" (como lo que incorpora el cPanel de la mayoría de servicios de hosting o equivalente).
Si en tu caso tienes soporte SSH ok .. (tendrás que ver que puertos usan y la IP a la que apuntar) .. SI vas a subir archivos y ejecutar pequeños comando desde el .. para Windows tienes el WinSCP3 que es un "navegador de archivos" vía SSH y además enlaza con Putty para ejecutar comandos .. así te será fácil subir el archivo y ejecutar los comandos que necesites ..
Ahora .. sin ningún problema y lios que estás haciendo puedes tomar tu archivo .. lo descomprimes en tu PC y lo subes por FTP común y corriente como lo haces ya con otras cosas .php o .html o lo que subas a tu servidor ..
Un saludo,