Me parece q es un eror de sintaxis. Yo lo haria asi:
<?
$links=array();
$i=0;
while($row = mysql_fetch_array($RecordsetN))
{
$links[$i]= "<a href=\"../Consultas/Ficha.php?Especie=".$row['Especie']."\" onclick=\"NewWindow(this.href,'Especie','800','500 ','yes','c enter');return false\" onfocus=\"this.blur()\">".$row['Especie']."</a> ";
if ($row['Nombrecomun']!="")
$links[$i].="<font color=#000000>".$row ['Nombrecomun']."</font><br>";
$i++;
}
echo "messages[0]=\"".implode(",", $links);
?>
No se si es eso lo q necesita