Mirá, es fácil:
Código HTML:
messages[0]="
El array de JavaScript empieza con comillas dobles, por eso, todas las comillas dobles adentro tenés que escaparlas con \. Si fuera:
Código HTML:
messages[0]='
Tendrías que escapar las comillas simples y dejar las dobles.
Lo que yo hice fue usar comillas simples para delimitar los echo's de php y escapar tanto comillas dobles como simples. Entonces, cuando php encuentra una comilla simple escapada, imprime una comilla simple normal, ya que el echo está delimitado con una comilla simple; y Cuando encuentra una comilla doble escapada, la imprime escapada.
Suerte
Fede