Por supuesto que se puede hacer. De hecho vos podes hacer que alguien vea toda una estructura de directorios que en verdad no es realemente asi.
Cuando se conecten a tu servidor podrian ver dos directorios: uno para subir archivos y otro para descargar. Los dos pueden tener rutas totalmente distintas.
<table width="100%" border="0" cellspacing="0" cellpadding="2"><tr><td align="center"><a href="http://www.cicpm.org" target="_blank"><img src="http://www.amsystems.com.ar/imagenes/fw/firma2.gif" border="0"></a></td></tr></table>