Conviene usar 1 o 2 índices????

[Vice]

Totalmente de acuerdo con Xaquin.
Nunca es bueno hacer un índice por un campo que tiene pocos valores posibles.
Si tienes un índice único por usuario, ¿para que quieres un índice por clave?.
¿Por qué te planteas el hacer un índice compuesto usuario clave?. Date cuenta que si lo haces así cualquier usuario podría repetirse con tal de que cambiara la clave, así podrías tener (pepe, hola), (pepe, hola1), (pepe, hola2) ...
Un saludo.

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