Podrías concretar un poco más que sucede exactamente (el problema) .. sobre todo cuando dices "le doy" a un checkbox .. para descartar un problema sobre Javascript (necesario o que tengas ..) o algo que se pueda resolver en PHP.
De todas formas .. te hago un comentario .. Si tu usas:
Código PHP:
<input name="id" type="hidden" id="id" value="<?php echo $row_n[0]; ?>"><input name="valor" type="checkbox" value="<? echo $conte; ?>"<? echo $valor;?> onClick="enviar();">
así sólo podras acceder a uno de los checkbox que selecciones .. De hecho si el objetivo es sólo poder seleccionar uno sólo de esas opciones .. tendría que se un "radio" como elemento de formulario .. y no un "checkbox" .. Pero, si quieres poder seleccionar N registros .. tienes que usar "notación" tipo array en los nombres de tus checkbox y en consecuencia tomar ese array en el script PHP que reciba esos datos de ese formulario ..
Revisa esta FAQ para que veas como se trabaja de esta forma para hacer acciones como las que planteas:
http://www.forosdelweb.com/f18/faqs-php-530600-post518710/
Un saludo,