Te repito que la consulta esa te borra el registro con id mas alto con username repetido, o sea solo el que tiene id mas alto, pero si tenes supongamos 4 registros con el mismo username te va a dejar el mas chico, y los dos que le siguen, porque solo te va a borrar el mas alto. Si lo que queres es borrar todos los repetidos, pero dejando el que tiene id mas bajo tenes que hacer esto. En este caso no importa cuantos repetidos haya, porque te va a dejar uno solo, el que tiene id mas bajo
DELETE FROM nuke_users
WHERE user_id NOT IN (
SELECT MIN(user_id)
FROM nuke_users
GROUP BY username
);
