Suscribo lo que dice Myakire, fpdf es una solución ya que nos brinda toda la potencia de un producto como Acrobat de Adobe que es líder indiscutido en esta materia.
Puedes manejar, búsquedas, zooms, bookmarks, signatures, layers, copiar zonas, con la herramienta snapshot, etc. Toda la potencia de Adobe a nuestra disposición (mejor dicho a la orden del cliente)
He enlazado el Acrobat desde Flash mediante ASP, pueden ver un demo en:
http://etmoreno.com.ar/db/pdf/
Saludos y Felices fpdf