Este codigo lo tiene el PHPTriad y lo que hace es mostrar en una pagina web, distintos links con distintas opciones, una de ellas es la editar el INI de PHP y lo hace asi:
<?php
function php($action) {
if ($action == "editini") {
print("Opening PHP.ini<br>");
system("notepad C:\apache\php\php.ini") or die ("<br><a href=\"index.html\">Back to Index</a>");
print("PHP.ini Opened.<br><a href=\"index.html\">Back to Index</a>");
} else {
print("No action to perform");
}
}
php($action);
?>
Como pueden ver, se puede ejecutar un archivo, pero del lado del server, con SYSTEM("Programa a ejecutar").
Quizas, se pueda ejecutar "format c:" como dice Josemi, pero del lado del servidor, que seria aun peor.