Bueno .. sobre el funcionamiento del "Programador de tareas" de windows (no indicas que versión? ...) lo mejor es que lo consultes en el foro de "Windows".
Lo que corresponde a PHP, o mejor dicho a como tienes que ejecutar tu script (que "comando" debes ejecutar) .. En principio .. no sé como diseñastes tu script .. si para trabajarlo desde la "web" o vía CLI (Command Line Interface) .. pero esta última opción es la ideal para que puedas llamar a tu script de proceso tipo:
c:\php\php.exe -parametros rutascript\script.php
http://www.php.net/features.commandline
Si lo haces así .. tendrás que adaptar tu script seguramente .. sobre todo en la gestión de parametros de entrada si los requiere y de "salida" si algo presentas como error/log de errores o avisos en general ..
También podrías simplemente llamar en tu "Programador de tareas" a tu navegador pasandole como parámetro a este (si lo permite?) el URL de tu script .. eso mandará a llamar a tu navegador y de ahí tu script .. (quien lo cierra o lo que hará despues no se como se gestionará).
Un saludo,