Pese que "das" salida a tu código que genera tu ventana .. o como uses el HTML para mostrar tu imagen desde PHP .. PHP no tiene nada que ver en las propiedades de la ventana que abras .. o del centrado .. ni de otros margenes y demás.
Deberías indicar el código de la página que abres en ese "popup" (window.open) o de lo que abres exactamente (linkeas la imagen directo? ..). Te recuerdo que en HTML .. el tag de imagen (<img>...) tiene sus própios tag's y propiedades.
Un saludo,