Hola:
Me parece que el problema que tienes es que aún no tienes una idea global de PHP+Apache+MySql.
Yo no soy un superexperto y prefiro no decirte lo que creo que deberías hacer porque son cosas delicadas y si luego no funcionara bien, lo lamentaría.
Lo que te aconsejo es que mires este sitio:
http://www.maestrosdelweb.com/editorial/phpmysqlap/
Aquí te explican bastante bien cómo instalar y configurar.
Suerte y saludos.