La explicación viene en inglés.
El link de la actualización "Changed files only" es este:
http://prdownloads.sourceforge.net/p...s.zip?download
Dentro del zip verás una carpeta install, que debes subir a tu foro, ejecutar el update_to_latest.php desde el navegador, y si va bien te dirá que todo está OK, entonces acto seguido borras esa carpeta.
También verás una serie de archivos ZIP de la forma 2.0.X_to_2.0.13.zip, elige el de tu versión actual de phpbb y ahí te vienen los archivos a actualizar. Simplemente es sustituir los antiguos por los nuevos.
Saludos