Pero .. aclara:
Esto:
$lineas=file("$players.txt");
que valor toma $players.txt ? toma el nombre de tu archivo correcto?
Esto de aquí:
echo '<a href=\"algo.php?user=".urlencode(trim($linea))."\" ><br>';
no sé por qué cambias las comillas .. usalo como lo puse .. para eso escapo las comillas dobles si las requiero usar:
Código PHP:
echo "<a href=\"algo.php?user=".urlencode(trim($linea))."\"><br>";
(de todas formas .. en tu caso .. revisa el código fuente que se genera .. el HTML y observa que es lo que se generó .. ).
Un saludo,