He creado dos perfiles: uno para la navegación normal, con un filtro que excluye los clicks a banners, y otro que sólo incluye estos clicks.
Captura de la configuración del filtro (uno de inclusión y otro de exclusión):

http://i123.photobucket.com/albums/o285/feelthetrip/test/bannerads.jpg
Por otro lado, el el footer tengo el código general de analytics, el cual funciona perfectamente (recojo todos los datos de visitas y navegación), y en el header el código del perfil de banners (que debe ejecutarse antes).
Finalmente en los links de cada banner tengo puesto un evento onClick de la siguiente forma:
Código:
Bien, pues algo debo estar haciendo mal porque el perfil de banners no recoje ningún dato desde que lo activé hace unas semanas.onClick="javascript: pageTracker._trackPageview ('/bannerads/nombrebanner');"
¿Me estoy perdiendo algo? Gracias!