Puedes usar el Hiren Boot CD 9.9 que lo encontras en Google, luego escoges la opcion miniwindows (Live CD de Windows que se carga en la RAM y no en el HDD) luego abres DOS y ejecutas el comando:
Chkdsk/f/r para todas las unidadades de disco que tengas, por ejemplo:
c: [enter] es para ir a la unidad de disco C
chkdsk /f/r
al terminar lo mismo con el resto de unidades si las tubieras.
si tienes problemas avisame por este medio para que otros pueden leer