Problema con disco rigido

[Mehida]

Hola, tengo un problema con uno de mis 3 discos rigidos.
A veces me sale este mensaje: "Windows - Errror en la escritura demorada"
Me dice que se perdio el archivo E:/$Mft y que lo pudo causar un "error en hardware o por un problema de conexion en red".
Otras veces me negó el acceso y me aparecio: "El proceso no tiene acceso al archivo porque está siendo utilizado por otro proceso", pero durante la misma cesion se me arreglo.
La PC se "traba" y hasta creo que se me borraron algunos archivos de mi disco E.
No se que puede ser.
A veces, cuando prendo el Modem antes que inicie Windows se me cambia el orden de los discos y tengo que ir al BIOS para ordenarlos (porque no todos tienen Windows).
No se si puede ser eso, o que.

[Josssss]

Antes de nada verifica que posees instalado una buena suite de seguridad validada y actualizada hasta el día de hoy, y que tu sistema se halla totalmente libre de posibles infecciones.

Si es necesario realiza un análisis Online de tu sistema.

Procede a realizar en cada HDD una desfragmentacion y un Scandisk para descartar cualquier tipo de problema por parte de la unidad, posibles sectores defectuosos...

El problema te es generado solo en una unidad en concreto?? Si es asín y el problema solo te es generado en una sola unidad, procede a conectarla de forma externa, mediante algún adaptador USB, y comprueba su funcionamiento, si genera el mismo tipo de problema, prueba a realizar en esta un formateo a bajo nivel con un software denominado Hard Disk Low Level Format Tool

[Mehida]

OK, muchas gracias por la respuesta.
Con respecto a la BIOS, quisiera saber si el orden es el correcto:
Hard Disk Drives:
Primero: 380 GB (Windows)
Sengundo: 320 GB (Windows) en este tengo el problema
Tercero: 80GB

Y despues tengo:
1st Boot Device: CDRom
2nd: HD 380 GB
3rd: Floppy

Esta bien asi?
Ahora cuando arranca Windows automaticamentre me hace un chkdsk, y cuando intento entrar a ese disco me dice: "El archivo o directorio esta dañado o es ilegible", casi no lo reconoce. El disco aparece en MI PC pero no puedo ver los datos en Propiedades, etc.

[Josssss]

Correcto.
Parce ser un problema directo del HDD
Procede utilizar un Cdlive de Windows o Linux de forma booteable, e intenta accede a la unidad problemática.

Si aun asín el problema continua, comprueba de forma interna que el HDD se halla correctamente conectado atraves del bus de datos y molex de alimentación, si es posible comprueba el HDD con otro molex que posea la fuente y otro bus de datos.

Si el problema continua, como te he indicado anteriormente:

procede a conectarla de forma externa, mediante algún adaptador USB o carcasa y comprueba su funcionamiento, si genera el mismo tipo de problema, prueba a realizar en esta un formateo a bajo nivel con un software denominado Hard Disk Low Level Format Tool

o de forma interna con Active Killdisk

Seria la ultima opción de revivir el HDD en cuestión.

Si con todos estos pasos la inestabilidad persiste, da por dañado esa unidad