Y porqué no usás algo como esto en lugar de un popup?:
  Código PHP:
    <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
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<title></title>
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#capa{ position:absolute; top:-1500px; }
#close{ color:#FFF; background-color:#F00; width:100%;  padding:2px 0}
#close div{ border:1px solid #000; padding:3px; cursor:pointer;text-align:center; width:20px; position:relative; left:770px;}
#abre{ background-color: #F90;cursor:pointer; padding:3px; border:1px dashed #666; width:100px; text-align:center}
</style>
<script>
function getWindowData(){
    var widthViewport,heightViewport,xScroll,yScroll,widthTotal,heightTotal;
    if (typeof window.innerWidth != 'undefined'){
        widthViewport= window.innerWidth-17;
        heightViewport= window.innerHeight-17;
    }else if(typeof document.documentElement != 'undefined' && typeof document.documentElement.clientWidth !='undefined' && document.documentElement.clientWidth != 0){
        widthViewport=document.documentElement.clientWidth;
        heightViewport=document.documentElement.clientHeight;
    }else{
        widthViewport= document.getElementsByTagName('body')[0].clientWidth;
        heightViewport=document.getElementsByTagName('body')[0].clientHeight;
    }
    xScroll=self.pageXOffset || (document.documentElement.scrollLeft+document.body.scrollLeft);
    yScroll=self.pageYOffset || (document.documentElement.scrollTop+document.body.scrollTop);
    widthTotal=Math.max(document.documentElement.scrollWidth,document.body.scrollWidth,widthViewport);
    heightTotal=Math.max(document.documentElement.scrollHeight,document.body.scrollHeight,heightViewport);
    return [widthViewport,heightViewport,xScroll,yScroll,widthTotal,heightTotal];
}
function q(id){return document.getElementById(id);}
var abrir=function(){
    var dpag=getWindowData();
    q('capa').style.top='0px';
    /* o:
    q('capa').style.top=(dpag[1]/2)-(q('ifr').height)/2+dpag[3]+'px';
    */
    q('capa').style.left=(dpag[0]/2)-(q('ifr').width)/2+dpag[2]+'px';
}
var cerrar=function(){
    q('capa').style.top='-1500px';
}
onload=function(){
    q('abre').onclick=abrir;
    q('bot').onclick=cerrar;
}
onresize=cerrar;
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<div id="abre">abrir</div>
<div id="capa"><div id="close"><div id="bot">x</div></div><iframe id="ifr" width="800" height="600" src="http://www.google.com"></iframe></div>
</body>
</html> 
   
  Igualmente, tal como sucede en un popup, siempre pueden usar la opción abrir en una nueve ventana, de modo que no sé que tanto sirvan ambas alternativas.