Uhmmm explicate bien, lo que creo saber es que deseas un div centrado encima de todo (El para que hacer eso no es mi problema, aunque no imagino para que lo quieres.) esto es temna de CSS, noto que demasiada gente confunde el CSS con el javascript.
Con CSS podrìas resolverlo de la sgte manera.
Supongamos que tienes un div contenedor, entonces el div centrado tendrá que ir encima de este, ¿Còmo? con z-index. el contenedor, deberá tener un z-index más bajo que el div centrado. entonces podría ser:
Código:
#contenedor{
z-index:10;
}
#centrado{
z-index:100;
}
luego quieres centrar el div entonces solo debes usar la propiedad position, en tu caso debe ser fixed, pensemos que tu div tiene 400 pixeles de ancho, y 400 de alto, entonces serìa asi:
Código:
#centrado{
position:fixed;
margin-left:50%;
margin-top:50%;
width:400px;
height:400px;
margin-left:-200px; //aqui centra
margin-top:-200px; //aqui centra
}
Latimosamente, esto no se dá en todos los navegadores, ya que el ie no acepta la propiedad fixed en el internet explorer 6. Para eso debemos usar expresiones en el CSS, cosa que me repugna pues no valida el código (Hasta cuando soportaremos a IE?) yo por mi parte paso de ello y no arreglaría el problema y los que usan ie6 que se jodan, pero bueno.
Puedes usar este archivo js para arreglar eso:
http://www.doxdesk.com/software/js/fixed.html 
