puedes hacer algo así:
 
var pop = window.open(url, title, options); 
Y para obtener el dom: pop.document 
Mira esto    
Código HTML:
Ver original        
        <script type="text/javascript">         var pop = window.open("hijo.html","Ventana hijo", "location=0,status=0,scrollbars=0,width=500,height=400");
 
        function getSaludo(){
        alert(pop.document.getElementById("saludo").innerHTML)";
        }
    ¿Que dice la ventana hijo? 
<input type="button" value="Ver" onclick="getSaludo();">
  
hijo.html    
Edito, no se si queda claro que si tienes el dom puedes usar todas las funciones de js. en dicho dom. es decir puedes usar innerHTML, appends, remove appends, etc... puedes cambiar estilos y mucho más, en definitiva tienes acceso y control a dicha ventana con 
ventana.document 
Quería aclarar eso. 
Saludos.