Buenas,
 
tal vez con algo así:  
 Código PHP:
    <script language="javascript">
 
function capa()
{
visibilidad = document.getElementById('capa').style.visibility
if(visibilidad=="visible")
    {
    document.getElementById('capa').style.visibility='hidden'
    }
else
    {
    document.getElementById('capa').style.visibility='visible'
    }
    tiempo=window.setTimeout('capa()',3000)
}
</script> 
   
  Y llamar a la función al cargar la página 
<body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000" 
onLoad="capa()"> 
Así cambiará la visibilidad cada 3000 milisegundos (3 segundos)  
 
 
Si lo quieres para 2 minutos, pues multiplicas. Habrían de ser entonces 120.000 milisegundos. 
Obviamente dar a la capa el id de 
capa  
<div
 id="capa" style="position:absolute; width:200px; height:47px; z-index:1; left: 250px; top: 60px; background-color: #999966; layer-background-color: #999966; border: 1px none #000000">  
saludos