Código PHP:
   function agregar_fila(origen,destino) {
    ///////////////////////////////////////////
 
    var region   = origen.regiones.value;
    var territorio = origen.territorio.value;
    var provincia = origen.provincia.value;
    var comuna = origen.comuna.value;
    var localidad = origen.value;
    
    var nuevo_indice = destino.rows.length;
 
    var fila;
    var celda;
    var valor;
    
    fila = destino.insertRow(nuevo_indice);
    fila.style.background = "white";
    
    ///////////////////////////////////////////
 
    celda = fila.insertCell(0);
    valor = document.createElement("input");
        valor.type = "checkbox";
        valor.id = "marca[]";
        valor.name = "marca[]";
        valor.value = nuevo_indice;
    celda.appendChild(valor);
 
    ///////////////////////////////////////////
 
    celda = fila.insertCell(1);
    var region = document.createElement('input') 
        region.type = 'hidden'
 
    var region_id = document.getElementById('regiones');
        var txtTextObj = document.getElementById('txtText');
        
    var selIndex = region_id.selectedIndex;
        region.value = region_id.options[selIndex].text;    
 
    valor = document.createTextNode(region.value);
    celda.appendChild(valor);
    
    ///////////////////////////////////////////
 
    celda = fila.insertCell(2);
    var territorio = document.createElement('input') 
        territorio.type = 'hidden'
 
    var territorio_id = document.getElementById('territorio');
        var txtTextObj = document.getElementById('txtText');
 
    var selIndex = territorio_id.selectedIndex;
        territorio.value = territorio_id.options[selIndex].text;    
 
    valor = document.createTextNode(territorio.value);
    celda.appendChild(valor);
    
    ///////////////////////////////////////////
 
    celda = fila.insertCell(3);
    var provincia = document.createElement('input') 
        provincia.type = 'hidden'
 
    var provincia_id = document.getElementById('provincia');
        var txtTextObj = document.getElementById('txtText');
 
    var selIndex = provincia_id.selectedIndex;
        provincia.value = provincia_id.options[selIndex].text;    
 
    valor = document.createTextNode(provincia.value);
    celda.appendChild(valor);
    
    ///////////////////////////////////////////
 
    celda = fila.insertCell(4);
    var comuna = document.createElement('input') 
        comuna.type = 'hidden'
 
    var comuna_id = document.getElementById('comuna');
        var txtTextObj = document.getElementById('txtText');
 
 
    var selIndex = comuna_id.selectedIndex;
        comuna.value = comuna_id.options[selIndex].text;
 
    valor = document.createTextNode(comuna.value);
    celda.appendChild(valor);
 
    ///////////////////////////////////////////
 
    celda = fila.insertCell(5);
 
    var localidad = document.createElement('input')
        localidad.type = 'hidden'
        localidad.name = 'localidad[]'
 
    var localidad_id = document.getElementById('localidad');
        var txtTextObj = document.getElementById('txtText');
 
    var selIndex = localidad_id.selectedIndex;
        localidad.value = localidad_id.options[selIndex].text;
 
    valor = document.createTextNode(localidad.value);
    celda.appendChild(valor);
 
    ///////////////////////////////////////////
 
    celda = fila.insertCell(6);
 
    var localidad_value = document.getElementById('localidad');
    var selIndex = localidad_value.selectedIndex;
    var val = localidad_value.options[selIndex].value;
    valores = val.split(',')
 
    var latitud = document.createElement('input') // latitud
        latitud.type = 'text'
        latitud.name = 'latitud[]'
        latitud.id = 'latitud'
        latitud.onblur = coordenadas_1;
        latitud.onkeypress = numeros_dom;
        latitud.value = valores[1]
        if (valores[1] != '') {
        latitud.readOnly = true
        }
 
        celda.appendChild(latitud);
 
    ///////////////////////////////////////////
 
    celda = fila.insertCell(7);
 
    var localidad_value = document.getElementById('localidad');
    var selIndex = localidad_value.selectedIndex;
    var val = localidad_value.options[selIndex].value;
    valores = val.split(',')
 
    var longitud = document.createElement('input') // longitud
        longitud.type = 'text'
        longitud.name = 'longitud[]'
        longitud.id = 'longitud'
        longitud.onkeypress = numeros_dom;
        longitud.value = valores[2]
        if (valores[2] != '') {
        longitud.readOnly = true
        }
 
        celda.appendChild(longitud);
 
    ///////////////////////////////////////////
 
    celda = fila.insertCell(8);
    var monto = document.createElement('input') // montos
        monto.type = 'text'
        monto.name = 'montos[]'
        monto.setAttribute('class', 'required')
        monto.title = 'Ingrese el monto asignado'
        monto.onkeypress = numeros_dom;
 
        celda.appendChild(monto);
 
    ///////////////////////////////////////////
 
    var    region = document.createElement('input') // regiones
        region.type = 'hidden'
        region.name = 'regiones[]'
 
    var region_id = document.getElementById('regiones');
        var txtidObj = document.getElementById('txtid');
 
    var selIndex = region_id.selectedIndex;
        region.value = region_id.options[selIndex].id;
 
        celda.appendChild(region);
 
    ///////////////////////////////////////////
 
    var    territorio = document.createElement('input') // territorio
        territorio.type = 'hidden'
        territorio.name = 'territorios[]'
 
    var territorio_id = document.getElementById('territorio');
        var txtidObj = document.getElementById('txtid');
 
    var selIndex = territorio_id.selectedIndex;
        territorio.value = territorio_id.options[selIndex].id;
 
        celda.appendChild(territorio);
 
    ///////////////////////////////////////////
 
    var    provincia = document.createElement('input') // territorio
        provincia.type = 'hidden'
        provincia.name = 'provincias[]'
 
    var provincia_id = document.getElementById('provincia');
        var txtidObj = document.getElementById('txtid');
 
    var selIndex = provincia_id.selectedIndex;
        provincia.value = provincia_id.options[selIndex].id;
 
        celda.appendChild(provincia);
 
    ///////////////////////////////////////////
 
    var    comuna = document.createElement('input') // territorio
        comuna.type = 'hidden'
        comuna.name = 'comunas[]'
 
    var comuna_id = document.getElementById('comuna');
        var txtidObj = document.getElementById('txtid');
 
    var selIndex = comuna_id.selectedIndex;
        comuna.value = comuna_id.options[selIndex].id;
 
        celda.appendChild(comuna);
 
    ///////////////////////////////////////////
 
    var localidad_value = document.getElementById('localidad');
    var selIndex = localidad_value.selectedIndex;
    var val = localidad_value.options[selIndex].value;
    valores = val.split(',')
 
    var localidad = document.createElement('input')
        localidad.type = 'hidden'
        localidad.name = 'localidades[]'
        localidad.value = valores[0]
 
        celda.appendChild(localidad);
 
} 
    Código PHP:
   function coordenadas_1() {
 
inputed=document.getElementById('latitud["+marca[]+"]');
a=inputed.value;
alert(a);
} 
    Código PHP:
    <button type="button" name="boton" id="boton" onClick="agregar_fila(form,info)" disabled=true >Agregar</button>
  <button type="button" onClick="remover_filas_marcadas(info)">Remover</button>
 
<table class="ensayo" id="info" name="info">
<tr class="titulos">
    <td> </td>
    <td>Region</td>
    <td>Territorio</td>
    <td>Provincia</td>
    <td>Comuna</td>
    <td>Localidad</td>
    <td>Latitud</td>
    <td>Longitud</td>
    <td>Monto</td>
</tr>
</table> 
     
 

 
 
 :, no debes tener varios elementos con el mismo id, con getElementById solo obtendrás un elemento. El ejemplo que te coloqué en el mensaje anterior era con elementos que tuviesen el name igual.
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