varias cosas que tienes que velar:
- en un archivo js no puedes incluir las etiquetas <script></script>.
- en base al experimento que lleve a cabo, focus no activa la ventana si se trata de varias pestañas (window tab). o sea, si la nueva ventana es abierta como pestaña y esta se activa, la funcion focus no activa ninguna ventana que llame a esta. mas facil de entender, tengo varias pestañas, digamos A y B. si B esta activa y en A se llama focus, A no se activara. comprobado en iexplorer7 y Fx3.
- tambien debes considerar las posibles configuracion del navegador. por ejemplo en mi caso, tengo configurado en Fx3 que javascript no tenga la habilidad de "levantar y bajar" las ventanas. en este caso no hay nada que el autor pueda hacer ya que un script no puede violar las preferencias del usuario.
analiza y verifica cual de los puntos anteriores interfiere en tu caso.